Фамилия Вахнина — типичный пример того, как просторечная форма имени закрепилась в качестве родового прозвища. В её основе лежит имя Вахня — одна из многочисленных уменьшительных форм от имени Иван. От него в русской традиции образовали десятки вариантов: Ивась, Иваш, Ваня, Ванечка, Ванюта, Ванята и, в том числе, Вахня. Такое разнообразие объясняется тем, что имя Иван было самым распространённым на Руси, и народная речь дробила его на множество ласковых и обиходных форм.

Само имя Иван восходит к каноническому мужскому личному имени Иоанн, которое пришло на Русь вместе с христианством. В переводе с древнееврейского оно означает «милость Божья». Однако фамилия Вахнина образовалась не от полного церковного имени, а от его бытового, звучащего по-домашнему варианта — Вахня. Это характерно для многих русских фамилий: люди чаще называли друг друга не по святцам, а по тому, как звучало имя в повседневной речи.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Вахнина буквально означает «дочь (или жена) Вахни». В русской ономастике такие фамилии на -ин обычно образовывались от основ, оканчивающихся на -а или -я, и закреплялись за потомками того, кого звали этим прозвищем. Таким образом, потомок человека по имени Вахня со временем получил фамилию Вахнина.

Географически фамилия чаще встречается в северных и центральных регионах России, где формы имени на -ня (Вахня, Даня, Михня) были особенно распространены. В архивных записях XVII–XVIII веков можно найти упоминания крестьян и посадских людей с таким прозвищем, что указывает на непривилегированное происхождение большинства носителей фамилии. Никаких дворянских родов Вахниных в гербовниках не зафиксировано — это фамилия простого люда, что только подчёркивает её подлинность и народные корни.