Фамилия Вахнин образована от имени или прозвища Вахня. Чаще всего Вахня — одна из многочисленных уменьшительных форм крестильного имени Иоанн (в русском обиходе — Иван). Имя Иоанн в переводе с древнееврейского означает «милость Божья», а в русской традиции от него возник целый веер производных: Ивась, Иваш, Ваня, Ванюта, Ванята и, в том числе, Вахня. Таким образом, в основе фамилии лежит имя предка, которого в быту звали Вахней, а его потомок стал Вахниным.

Однако стоит учитывать, что Вахня могло быть и нецерковным прозвищем. В русских говорах слово «вахня» имело несколько значений. В архангельских и поморских краях так называли рыбу — разновидность трески или наваги. Прозвище Вахня могли дать рыбаку, торговцу рыбой или человеку с какой-то особенностью, напоминавшей эту рыбу (например, холодному, «скользкому» или молчаливому). Вторая версия менее вероятна, но её нельзя отбрасывать, особенно если фамилия исторически привязана к северным регионам.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Вахнин, то есть сын Вахни. Это типичная модель русских фамилий, образованных от имён и прозвищ, оканчивающихся на -а или -я.

С точки зрения географии, фамилия Вахнин встречается в разных регионах, но чаще фиксируется в северных и центральных областях России, что косвенно поддерживает и «рыбную» версию происхождения прозвища. Вахнины могли быть крестьянами, рыбаками или посадскими людьми — точных данных о сословной принадлежности нет, и выдумывать их не стоит. Главное, что история фамилии уходит корнями в живую русскую речь, где имя Иван дало десятки форм, и Вахня — одна из самых редких и выразительных.