Основой фамилии Вахненко послужило имя Вахня. Фамилия Вахненко образована от просторечного имени Вахня. Поскольку среди таких имени наиболее распространенным было Ваня (форма от церковного Иоанн), то можно предположить, что именно оно стало производящей основой для Вахня. Имя Иоанн имеет древнееврейское происхождение и переводится на русский язык как «милость Божья». Таким образом, потомок человека, обладающего именем Вахня, со временем получил фамилию Вахненко.