Фамилия Вахниченко звучит на украинский лад и образована по распространённой в восточных и центральных областях Украины модели. Суффикс «-енко» (в старой форме «-енк(о)») в XVII–XVIII веках означал «сын» или «потомок» и закрепился в качестве фамильного показателя, вытеснив отчества. Так Вахниченко — буквально «сын Вахника».

В основе фамилии лежит личное имя Вахно. Это народная, разговорная форма крестильного имени Вакх (в русской традиции — Вах, Вахей) или же производная от Варфоломей. Вакх — имя греческого бога виноделия, но в святцах оно закрепилось как христианское (святой мученик Вакх). В украинском просторечии имя давало формы Вах, Вахно, Вахник. Суффикс «-ник» в прозвище Вахник мог указывать на человека по имени Вахно или на того, кто имеет какое-то отношение к Вахам (например, сын Ваха). Есть и более бытовая версия: в южнорусских и украинских говорах «вахник» — нерасторопный, медлительный человек, но эта гипотеза менее надёжна, так как фамилии от личных имён в этой модели преобладают.

Фамилия Вахниченко — типично украинская по форме, но могла возникнуть и в среде выходцев с Украины, переселившихся на Кубань, Дон или в Слобожанщину. В документах XIX века её носители — чаще крестьяне и казаки. Географически фамилия привязана к Черкасской, Полтавской и Киевской областям, а также к югу России, куда шли миграционные потоки.

С точки зрения словообразования фамилия прошла два этапа: сначала от имени Вахно образовали прозвище Вахник (при помощи суффикса принадлежности «-ик»), а затем от него — патроним Вахниченко. Двойной суффикс встречается реже, чем прямое «Вахненко», и указывает на более позднее закрепление фамилии или на то, что прозвище отца было именно Вахник, а не Вахно.