Фамилия Вахнины образована от имени Вахня — одной из множества народных форм крестильного имени Иоанн. В переводе с древнееврейского это имя означает «милость Божья», а в русской традиции оно дало десятки уменьшительных вариантов: от привычных Ивана, Вани до редких Ванюта, Ванята и Вахня. Именно последняя форма — Вахня — и стала основой фамилии. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Вахнин буквально значит «сын Вахни» или «из рода Вахни».

В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще образовывались от прозвищ или профессий, фамилии на -ин в русской традиции нередко происходили от личных имён, особенно от уменьшительных. Вахня — не самое частое производное от Иоанна, поэтому фамилия встречается реже, чем, скажем, Иванов или Ванин. В говорах северных и центральных губерний форма Вахня могла бытовать наравне с Ванятой, но со временем закрепилась именно в таком написании.

Точное место и время возникновения фамилии Вахниных установить сложно — процесс формирования русских фамилий растянулся на несколько столетий, с XV по XVII век. Однако можно предположить, что предки носителей этой фамилии жили в тех областях, где была распространена форма Вахня: возможно, в Поволжье или на Русском Севере, где окающие говоры дольше сохраняли архаичные варианты имён. Фамилия Вахнин — не только указание на имя предка, но и живая иллюстрация того, как церковное имя Иоанн превращалось в народе в десятки узнаваемых прозвищ и фамилий.