Фамилия Вахоничев образована от прозвища или имени, стоящего в основе, и принадлежит к распространённому типу русских фамилий на -ев. Суффикс -ев указывает на принадлежность: Вахоничев буквально значит «сын Вахонича». А Вахонич, в свою очередь, — это отчество или прозвище, образованное от имени Вахоня с помощью патронимического суффикса -ич (сравните: Иванович, Петрович).

Само имя Вахоня — это народная, обиходная форма крестильного имени Варфоломей. В русской традиции длинные и непривычные греческие имена часто укорачивали и переделывали на свой лад: Варфоломей превращался в Варфоломея, а затем в Вахрама, Вахоню и Вахню. Уменьшительно-ласкательный суффикс -оня характерен для северных и центральных русских говоров (ср. Андроня, Сидоря). Имя Варфоломей в переводе с арамейского означает «сын вспаханной земли», «сын борозды» — что для крестьянской среды было вполне понятным и уважаемым образом.

Таким образом, цепочка образования выглядит так: крестильное имя Варфоломей → обиходная форма Вахоня → отчество Вахонич («сын Вахони») → фамилия Вахоничев («внук или потомок Вахонича»). Модель с двойным суффиксом (-ич + -ев) встречается реже, чем просто -ов или -ев, и часто указывает на то, что фамилия закрепилась уже в XVI–XVII веках, когда отчества на -ич стали передаваться по наследству.

Фамилия редкая и имеет выраженную географическую привязку. Значительная часть носителей Вахоничевых исторически проживает на севере и северо-востоке европейской части России — в Вологодской, Архангельской и Кировской областях. Это согласуется с тем, что формы на -оня и отчества на -ич дольше сохранялись именно в северных говорах. Предки современных Вахоничевых, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми, а имя Варфоломей (в форме Вахоня) могло передаваться в роду как родовое, мирское прозвище.

Встречается и вариант написания с одной «н» — Вахоничев, но он менее точен с точки зрения словообразования: суффикс отчества -ич требует сохранения двойного согласного. Вахоничев — это не «сын Вахона», а именно «сын Вахонича», что подчёркивает более сложную и старую фамильную историю.