Фамилия Вахонелов — редкая и неочевидная с первого взгляда. Если отбросить суффикс -ов, который указывает на принадлежность («чей?» — сын Вахонела), в основе лежит прозвище или имя Вахонел. В русской ономастике суффикс -ел(о) встречается нечасто, но он характерен для прозвищ, описывающих внешность, характер или манеру поведения. Сравните: Сопело, Хрипело, Визжало — так называли человека по какой-то заметной, часто не самой лестной особенности.

Корень «вахон-» наводит на несколько версий. Первая и самая прямая: диалектное слово «вахоня» или «вахон» — так в некоторых говорах называли нерасторопного, медлительного или простоватого человека. В словаре Даля встречается глагол «вахлять» — делать кое-как, неумело. Тогда Вахонел — тот, кто «вахляет», работает спустя рукава. Прозвище давалось не в обиду, а как бытовая характеристика: «наш Вахонел опять возится».

Вторая версия связывает фамилию с календарным именем Варфоломей. В народном произношении оно часто редуцировалось: Варфоломей → Вахромей → Вахоня. Форма Вахонел могла возникнуть как ласкательное или пренебрежительное производное от Вахоня, с тем же суффиксом -ел. Такой путь — от полного христианского имени к усечённой форме и затем к прозвищу — типичен для русских фамилий (ср. Афоня → Афонелов, Федя → Феделов).

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным регионам России, где диалектная лексика сохраняла слово «вахоня». Вахонеловы встречаются в старых переписях Вологодской и Архангельской губерний, реже — в Поволжье. В сословном отношении это, скорее всего, крестьянская или посадская фамилия: прозвища с суффиксом -ел(о) редко носили дворяне, они бытовали в среде, где человека называли по живому, нелитературному признаку.

Таким образом, предок современных Вахонеловых — либо человек по имени Вахоня (из Варфоломея), которого за глаза дразнили Вахонелом, либо крестьянин, получивший прозвище за медлительность или небрежную работу. Первая версия (от имени) выглядит чуть надёжнее: она объясняет и суффикс, и корень без натяжки, а диалектное «вахоня» — простоватый — могло быть вторичным осмыслением уже забытого имени.