Фамилия Вахонеева — женская форма, её основа та же, что и у мужской Вахонеев, и почти наверняка она происходит от имени или прозвища Вахоня. Это имя звучит необычно, но в нём легко узнать уменьшительную форму от крестильного имени Варфоломей. В русской народной традиции имя Варфоломей сокращали до Вахрамей, а от него уже пошли ласковые варианты: Вахоня, Вахруша, Вахря. Суффикс -еев указывает на принадлежность: Вахонеев буквально значит «сын Вахони».

Вторая, менее вероятная версия связывает фамилию с диалектным словом «вахоня» — так в некоторых говорах называли медлительного, вялого или сонного человека. Если прозвище возникло от этого слова, то оно описывало характер или манеру поведения родоначальника. В пользу этой гипотезы говорит то, что суффикс -еев мог присоединиться к основе на -я, как в фамилиях Звереев или Копеев, но для Вахонеева первая версия — от имени — выглядит убедительнее: слишком много в русской ономастике примеров, когда редкие церковные имена «обкатывались» до неузнаваемых прозвищ.

Географически фамилия редкая. По данным современных справочников, она встречается в основном в центральных и северных областях России, особенно в Вологодской и Архангельской губерниях, где имя Варфоломей было популярно в крестьянской среде. Вахонеевы могли быть государственными или монастырскими крестьянами — в этих краях помещичье землевладение было слабым, и фамилия закреплялась за целыми семьями, живущими в одной деревне.

Модель образования — типичная для русских фамилий XVI–XVII веков: прозвище или имя на -я, к которому добавили патронимический суффикс -ев. Интересно, что ударение в фамилии плавает: в одних семьях говорят Вахо́неев, в других — Вахоне́ев. Это не ошибка, а следствие того, что исходное имя Вахоня могло иметь разное ударение в зависимости от говора.