Фамилия Вахорина — один из примеров того, как народная речь переработала церковное имя в нечто совсем неожиданное. В её основе лежит имя Вахора, а оно, в свою очередь, восходит к каноническому Иоанн (в переводе с древнееврейского — «Божья милость»). Цепочка превращений выглядит так: Иван — Иваха — Вахура — Вахора. Ключевую роль здесь сыграл суффикс -ура/-ора, который в русских говорах был распространённым уменьшительным аффиксом (вспомните Ванчура или Мишура). Таким образом, Вахора — это не самостоятельное имя, а ласкательная форма, которая со временем закрепилась как прозвище.

Скорее всего, первый носитель этого имени был человеком из простого сословия: сложные цепочки уменьшительных форм в дореволюционной России были характерны для крестьянской и мещанской среды, где полное имя в быту заменяли десятками вариантов. Фамилия образована по стандартной модели: к основе Вахор- добавили суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Вахоры). Потомки человека по прозвищу Вахора со временем и стали Вахориными.

В исторических документах фамилия встречается, но не слишком часто. Например, в Книге памяти Республики Татарстан упомянут Денис Владимирович Вахорин, родившийся в 1897 году в селе Левашево Алексеевского района. Эта запись — редкое свидетельство бытования фамилии в Поволжье, хотя её корни, вероятно, лежат в северных или центральных говорах, где формы вроде Вахора были особенно употребительны.