Фамилия Вахрина образована от имени Вахря — одной из народных форм крестильного имени Варфоломей. В древнерусском языке это имя, пришедшее из греческого, означало «сын вспаханной земли» или «сын полей». У него было много просторечных вариантов: Вахря, Вахруша, Вахрушка. Именно от Вахри с помощью патронимического суффикса -ин и возникла фамилия. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Вахрина — «дочь (или жена) Вахри», а впоследствии и потомок.

Варфоломей — имя апостольское. Один из двенадцати учеников Христа, святой Варфоломей родом из Каны Галилейской, почитается как покровитель имени. На Руси имя было распространено, но в народе его часто сокращали и переделывали на свой лад — так Варфоломей превращался в Вахрю.

Фамилия Вахрина — женская форма, а её мужской вариант — Вахрин. Встречается преимущественно в северных и уральских регионах, что подтверждается и биографией известного носителя фамилии: Сергей Иванович Вахрин (р. 1954) — пермский краевед, писатель, член Союза писателей и Союза кинематографистов России. Его работы по истории Пермского края и Урала — одна из немногих нитей, связывающих фамилию с конкретным местом и делом.

Словообразовательная модель здесь прозрачна: основа (Вахр-) + суффикс -ин. Такая модель типична для русских фамилий, образованных от имён, оканчивающихся на -а или -я. Родственные фамилии — Вахрушин, Вахрушев, Вахрамеев — все они восходят к тому же корню, но через разные уменьшительные формы имени Варфоломей.