Фамилия Вахрукова образована от личного имени Вахрук — одной из народных, обиходных форм крестильного имени Варфоломей. Варфоломей пришло на Русь из греческого языка, где означало «сын вспаханной земли» или «сын полей». В русской традиции длинные и торжественные церковные имена часто дробились на множество коротких и удобных в быту вариантов: Варфоломей превращался в Вахрума, Вахрушу, а иногда и в Вахрука. Именно от такой формы — Вахрук — и пошла фамилия.

Суффикс -ов в основе указывает на типичную модель русских фамилий: «чей?» — «Вахруков», то есть сын или потомок Вахрука. Женская форма Вахрукова возникла естественным путём, по грамматическому роду. Фамилия эта не относится к дворянским или княжеским, её носителями в большинстве были крестьяне или посадские люди, особенно на Русском Севере и в Поволжье — в тех регионах, где имя Варфоломей было распространено в народном быту.

Интересно, что в некоторых говорах Вахруком могли назвать не только по имени, но и как прозвище — за характерную манеру речи или поведения. Однако основная версия остаётся антропонимической: фамилия Вахрукова ведёт начало от имени Вахрук, а значит, от Варфоломея. Поскольку имя это было частым, фамилия встречается в разных уголках России, но не входит в число самых распространённых — она сохранила локальный, семейный оттенок.