Фамилия Вахотский — редкая и, на первый взгляд, трудно объяснимая. В ней сразу бросается в глаза суффикс -ск-, указывающий на типично дворянское или польское происхождение (по модели «князь Вяземский» от названия Вязьма). Однако в случае Вахотского мы, скорее всего, имеем дело не с географическим названием, а с адаптацией прозвища или профессии.

Самая вероятная версия связывает фамилию со словом «вахта» — караул, дежурство. В старину вахотником называли сторожевого, караульного или того, кто нёс вахту на судне. Тогда Вахотский — это «сын вахотника», то есть потомственный сторож, матрос или человек, приписанный к караульной службе. Суффикс -ск- в этом случае мог появиться позже, как признак оформления фамилии по более «благородному» образцу, чтобы отличать конкретный род от просто Вахотиных.

Менее вероятно, но возможно, что в основе лежит диалектное слово «вахота» — так в некоторых говорах называли неуклюжего, нерасторопного человека. Если это так, то прозвище Вахотка дали медлительному крестьянину, а его дети стали Вахотскими.

С географией фамилии всё сложно: она не привязана к известному топониму «Вахотск» — такого села или города в старых списках нет. Зато встречаются однокоренные Вахотины и Вахоткины, что подтверждает народное, а не географическое происхождение. Таким образом, носитель фамилии Вахотский с большой вероятностью ведёт род от человека, который либо стоял на страже, либо получил прозвище за свою неповоротливость — и чью фамилию позже «облагородили» типичным дворянским суффиксом.