Фамилия Ваховский вряд ли связана с именем или профессией — её основа топонимическая, и указывает она на реку Вах. Это правый приток Оби, который течёт по восточной части Ханты-Мансийского автономного округа, по центральной полосе Западно-Сибирской равнины. Человек, получивший такую фамилию, скорее всего, жил на берегах этой реки или переселился оттуда в другие края, а фамилия закрепилась за ним как указание на прежнее место жительства.

Модель образования здесь прозрачная: суффикс -ск- в русской ономастике традиционно работает с географическими названиями. Прибавляя -ский к основе «Вах», получаем прилагательное со значением «с Ваха» или «ваховский». Такие фамилии в XVII–XIX веках часто давали выходцам из духовенства, но в случае с Ваховскими это необязательно: суффикс мог появиться и у крестьян, и у служилых людей, если они переселялись и получали прозвище по реке.

Само название реки Вах — из языков коренных народов Сибири, скорее всего хантыйского или селькупского. Точное значение спорно: одни исследователи связывают его с понятием «протока» или «рукав реки», другие — с «лесным озером». В любом случае, гидроним древний, и фамилия, образованная от него, несёт отпечаток сибирской географии, а не центральной России.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Вахитов, Вахин, Вахов — показывает, что Ваховский стоит особняком: только у него типично «географический» суффикс, тогда как остальные образованы напрямую от личных имён (татарское Вахит, Вах) или прозвищ. Это делает фамилию скорее редкой и локальной. Встретить Ваховского можно в Томской области, Ханты-Мансийском округе и среди потомков сибирских переселенцев в других регионах.