Фамилия Вахина — женская форма, а её мужской вариант — Вахин. В центре внимания оказывается основа, которая может восходить как к крестильному имени, так и к диалектному прозвищу.

Самая очевидная версия — происхождение от канонического имени Варфоломей (арам. «сын вспаханной земли», «сын Толмая»). В народной речи это длинное имя сокращали до Вах, Вахно, Вахута. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Вахин буквально означает «сын Вахи» или «человек из рода Вахи». Такая модель образования — одна из древнейших в русских фамилиях, она закрепилась в основном в северных и центральных областях России.

Менее распространённая, но возможная версия — связь с диалектным словом «вахля» или «вахлак», которым в некоторых говорах называли нерасторопного, неуклюжего человека. Однако в этом случае фамилия скорее имела бы форму Вахлов или Вахлаков. Прямая форма Вахин чаще указывает на имя, а не на прозвище, хотя полностью исключать прозвищный корень нельзя — в ономастике известны случаи, когда «ваха» означало нечто вроде «ротозей» или «простак».

Географически фамилия Вахин встречается не слишком часто, но имеет очаги в Вологодской и Архангельской областях, а также в Поволжье. Это косвенно подтверждает версию об имени Варфоломей — в северных и поморских землях народные формы церковных имён держались дольше и давали больше производных фамилий. В татарской и башкирской среде фамилия могла возникнуть от имени Вахит (араб. «единственный»), но тогда ударение чаще падает на второй слог, а сама фамилия обычно пишется через «и» — Вахина. Русская фамилия Вахина почти всегда произносится с ударением на первый слог.