Фамилия Вахмина — женская форма, а её мужской вариант, Вахмин, встречается гораздо реже и звучит непривычно для уха. В русской традиции такие фамилии на -ин обычно образовывались от имён или прозвищ, оканчивающихся на -а или -я. Но здесь корень неочевидный, и сразу бросается в глаза его нетипичность.

Самая прямая и правдоподобная версия — происхождение от имени Вахма. Это уменьшительная или обиходная форма от крестильного имени Варфоломей (арамейское «сын вспаханной земли»). В русских говорах имя Варфоломей давало множество производных: Вахрамей, Вахромей, Вахруш, а в северных и вологодских краях — Вахма. Если предка звали Вахмой, то его сын становился Вахминым, а дочь — Вахминой. Фамилия, таким образом, отчественная, но не от полного церковного имени, а от его простонародного, бытового варианта.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Вахмин, то есть сын Вахмы. Такая модель типична для центральных и северных губерний России, где фамилии на -ин преобладают над фамилиями на -ов. Географически Вахмины чаще всего встречаются в Архангельской, Вологодской областях и в Поволжье — именно там имя Варфоломей в форме Вахма было особенно распространено.

Менее вероятна, но не исключена версия, связывающая фамилию с прозвищем Вахма от диалектного глагола «вахмить» — медлить, мешкать, возиться. В этом случае прозвище могли дать неторопливому или нерасторопному человеку. Однако в ономастических словарях (например, у Б. Унбегауна) такая основа не фиксируется как продуктивная, а вот имя Вахма как производное от Варфоломея — вполне.

Фамилия редкая, недворянская, скорее всего крестьянская или мещанская. В дореволюционных переписях Вахмины встречаются среди государственных крестьян севера. Знаменитых носителей в истории практически нет, что только подтверждает: фамилия осталась в своей локальной, бытовой среде и не вышла за пределы нескольких уездов.