Фамилия Вахутина, скорее всего, восходит к прозвищу Вахута — фонетическому варианту имени Вакута. В основе лежит старинное нарицательное «вакута»: так называли дорогу или тропу, ведущую из селения на кладбище. Прозвище мог получить человек, чей дом стоял прямо у такой дороги, — это был точный и понятный соседям ориентир, который со временем закрепился как обиходное именование, а затем перешёл в фамилию.

Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — сын Вахуты, дочь Вахуты). Такая форма чаще встречалась в северных и центральных областях России, где притяжательные фамилии на -ин были особенно распространены. Чередование согласных «к» → «х» (Вакута → Вахута) — явление нередкое в живой речи: оно могло возникнуть под влиянием местных говоров или просто как упрощение произношения.

Другие версии происхождения менее убедительны. Связывать фамилию с личным именем Вахутий (редкой формой от Варфоломей или Валентин) можно, но документальных подтверждений такой гипотезе мало. Основная, «кладбищенская» версия выглядит правдоподобнее: она опирается на реальную топографическую деталь, которая в деревенском быту была важным ориентиром.

Фамилия Вахутина — пример того, как бытовое прозвище, данное по месту жительства, превратилось в наследственное родовое имя. Она не относится к числу распространённых, но её носители, скорее всего, происходят из одной местности, где «вакута» была узнаваемым словом.