Фамилия Вахутко — редкий пример того, как уменьшительная форма личного имени закрепилась в качестве фамильной, сохранив при этом подвижное ударение и необычный суффикс. В основе лежит имя Вахута — производное от канонического Варфоломей или, что менее вероятно, от Иван (через старую форму Ванюта). Суффикс -ут- в славянской антропонимии характерен для ласкательных и обиходных вариантов (ср. Мишута, Данута, Ванюта), а конечное -ко — уже типично украинский или белорусский патронимический формант, указывающий на «сына» или «потомка» человека с таким прозвищем. Таким образом, Вахутко буквально значит «маленький Вахута» или «сын Вахуты».

География фамилии почти целиком привязана к западным областям Беларуси и, возможно, к приграничным районам Польши и Украины. Суффикс -ко, особенно в сочетании с мягкой основой, — яркая примета волынских, гродненских или брестских говоров. Вахутко могло быть не фамилией в современном смысле, а уличным прозвищем, которое дали потомкам крестьянина или ремесленника по имени Вахута. В XIX веке такие формы активно фиксировались в метрических книгах именно как фамильные, а не как отчества.

Словообразовательная модель здесь двойная. Сначала имя Варфоломей (арамейское «сын вспаханной земли») в народной речи упростилось до Вахуты — через отпадение начала и замену «р» на «х», что часто встречалось в диалектах. Затем к этой основе добавили суффиксальную цепочку -ут- + -к-, где -к- выполняет роль уменьшительно-патронимического показателя. Фамилии с таким двойным уменьшением редки: обычно говорят либо «Вахутин», либо «Вахутов», а вот «Вахутко» — более архаичный, живой вариант, не прошедший через литературную обработку.

В отличие от фамилий на -енко, которые массово распространились на востоке Украины, Вахутко осталось локальным, не стало «модным» и не ушло далеко от места возникновения. Это не дворянская фамилия: в старых ревизских сказках её носители числятся крестьянами и мещанами. Если искать однокоренные параллели, то ближе всего будут фамилии Вахутов, Вахутин, а также Вахутович — последняя уже указывает на польскую или белорусскую шляхетскую традицию (с суффиксом -ович). Вахутко же стоит особняком: в ней слышна не фамильная торжественность, а деревенская ласка, которой когда-то окликали мальчика Вахутку.