Фамилия Вакутина — женская форма, мужская — Вакутин. По модели образования это типичная русская фамилия на -ин, которую получили потомки человека, носившего прозвище или имя, оканчивающееся на -а, -я. В основе лежит имя Вакута.

Что скрывается за этим именем? Самый прямой путь — от канонического крестильного имени Вакх (в русском обиходе часто звучало как Вах, Вахта, Вахно). Вакх — это древнегреческое имя бога виноделия (в римской традиции — Бахус). В просторечии имя Вакх переделывали на русский лад, и форма Вакута — одна из таких народных вариаций. Суффикс -ут- в русских именах встречается нечасто, но он характерен для уменьшительных или производных форм (сравните: Мишута, Ванюта). Таким образом, Вакута — это ласковое или обиходное обращение к человеку по имени Вакх.

Есть и другая, менее распространённая версия, выводящая фамилию из диалектного слова. В некоторых говорах «вакута» могло означать «вакса» или «сажа» — то есть что-то чёрное, марающее. В этом случае прозвище Вакута мог получить либо человек с очень тёмными волосами, либо, что вероятнее, сапожник или чистильщик обуви, работавший с ваксой. Однако эта версия слабее: профессиональные прозвища редко образовывались с уменьшительным суффиксальным оформлением, да и само слово «вакута» в значении «сажа» не зафиксировано в авторитетных словарях как распространённое.

Фамилия Вакутин встречается в основном в центральных и северных регионах России, особенно в Вологодской и Кировской областях. Встречается и на Урале, куда переселенцы принесли её в XVII–XVIII веках. Сословная принадлежность носителей была разной: в переписных книгах XVIII века Вакутины числятся и среди государственных крестьян, и среди посадских людей. Знаменитых носителей фамилия не имеет — это крестьянская или мещанская фамилия, которая никогда не поднималась в дворянство, но зато сохранилась в народной среде без искажений.