Основой фамилии Ватутина послужило церковное имя Вата или Савватий. Имя Ватута – уменьшительная форма редкого старинного имени Вата. Это имя восходит к греческому слову «батос» и означает «терновник». Также возможно, что Ватута – форма, образованная от имени Савватий, которое в переводе с древнееврейского означает «субботний, родившийся в субботу, в праздник». Именины Савватия приходятся на 15 марта (день памяти преподобного Савватия Тверского), 2 октября (мученик Савватий) и 10 октября (преподобный Савватий Соловецкий). Скорее всего, основатель рода Ватутиных был человеком из простого сословия. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Ватута, со временем получил фамилию Ватутина.