Фамилия Ватутина — женская форма, а мужская, Ватутин, образована от имени или прозвища Ватута. Чаще всего ономасты связывают эту основу с двумя разными источниками.

Первый — редкое старинное имя Вата, которое восходит к греческому «батос» — «терновник». Ватута в таком случае — его уменьшительная форма, а фамилия буквально означает «потомок Ватуты». Вторая версия выводит Ватуту из полного церковного имени Савватий. В переводе с древнееврейского оно значит «субботний» или «родившийся в субботу, в праздник». Если принять эту гипотезу, Ватута — одна из народных сокращённых форм Савватия, наряду с Савой, Вавой или Ватей.

Какая из них правдоподобнее? Имя Вата встречается в святцах, но действительно крайне редко. Савватий же был распространён шире, особенно в северных и центральных областях России. Поэтому версия происхождения от Савватия выглядит более вероятной для массового бытования фамилии. Дни памяти преподобного Савватия Тверского (15 марта), мученика Савватия (2 октября) и Савватия Соловецкого (10 октября) могли быть семейными праздниками в роду.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: чей? — Ватутин сын. Такая модель типична для русских фамилий, образованных от имён или прозвищ, оканчивающихся на -а, -я. Сословной элитарности в ней нет: скорее всего, основатель рода был крестьянином или посадским человеком, которого в документах записали по имени отца — Ватута. Фамилия не относится к числу дворянских, но крепко держится в тех регионах, где было популярно имя Савватий, — на Русском Севере, в Поволжье и среди старообрядческих общин.