Фамилия Ватутин — одна из тех, что выдают в своих носителях потомка человека, которого в быту называли уменьшительным именем Ватута. Сама фамилия строится по простой и понятной модели: к основе на -а добавляется русский патронимический суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — «Ватутин сын»). Поэтому корень здесь — именно Ватут-, а не Ватут-ин.

Откуда взялось имя Ватута? Тут есть несколько версий, и ни одна не выглядит натянутой. Первая и самая прямая: Ватута — это уменьшительная форма от редкого старинного имени Вата. Оно, в свою очередь, восходит к греческому «батос» — «терновник». Имя нечастое, но в ономастиконе встречается. Вторая версия связывает Ватуту с церковным именем Савватий. В просторечии и в крестьянской среде длинные имена часто «усекали»: Савватий легко превращался в Вату, а оттуда — в ласковое Ватута. Савватий — имя древнееврейского происхождения, означает «субботний» или «родившийся в субботу»; в православных святцах его поминают несколько раз в году, в том числе 15 марта (Савватий Тверской) и 10 октября (Савватий Соловецкий).

Какая версия правдоподобнее? Вторая — от Савватия — выглядит более массовой. Уменьшительные формы от церковных имён дали огромный пласт русских фамилий (вспомните Савёлов, Савватиных, да и самих Ватутиных). Имя же Вата, хоть и существует, встречается реже, и фамилии от него образовывались бы скорее как Ватин или Ватов. Ватута же — это именно «разговорный» вариант, который легче представить в быту XV–XVII веков, чем в святцах.

Говорить о точном месте возникновения фамилии Ватутин сложно: процесс формирования фамилий на Руси был долгим и шёл неравномерно. Но можно предположить, что её носители — выходцы из центральных или северных русских земель, где суффикс -ин особенно распространён. В любом случае, фамилия эта — живой след народной переработки церковного имени, памятник тому, как книжное слово осваивалось в повседневной речи.