Фамилия Ватутин образована от мужского имени Ватута — уменьшительной формы редкого старинного имени Вата. Это имя восходит к греческому слову «батос» и означает «терновник». Однако есть и другая, более правдоподобная версия. Ватута — это народная форма церковного имени Савватий, которое в переводе с древнееврейского значит «субботний, родившийся в субботу». Имя Савватий было распространено в крестьянской среде, и его сокращение до Ватуты — типичный для русской ономастики случай усечения и добавления суффикса -ут(а). Этот суффикс придавал имени ласкательный или обиходный оттенок.

Фамилия построена по самой распространённой в России модели: к основе Ватут- добавили суффикс -ин. Такой патроним указывает на прямого предка: «чей сын?» — Ватутин. Потомок человека по имени Ватута со временем получил фамилию Ватутин, которая закрепилась и передавалась по наследству.

Именины Савватия приходятся на 15 марта (память преподобного Савватия Тверского), 2 октября (мученик Савватий) и 10 октября (преподобный Савватий Соловецкий). Эта дата могла быть днём крещения предка, но для большинства носителей фамилии связь с церковным календарём уже утрачена.

Географически фамилия Ватутин встречается преимущественно в центральных и южных областях России, что совпадает с зоной бытования имени Савватий в его народных формах. Встречается она и на Украине, где могла писаться как Ватутін.

Интересная деталь: в русских говорах слово «ватута» иногда означало «тихоня» или «медлительный человек». Если имя Ватута было не крестильным, а прозвищным, то фамилия могла закрепиться за человеком с таким характером. Но эта версия менее вероятна, чем происхождение от церковного имени, — прозвищ на -ута в русском языке немного, а имя Савватий в сокращённой форме Ватута фиксируется в исторических документах.