Основой фамилии Ватутин послужило церковное имя Ватута. Фамилия Ватутин образована от мужского имени Ватута – уменьшительной формы редкого старинного имени Вата. Это имя восходит к греческому слову «батос» и означает «терновник». Также возможно, что Ватута – форма, образованная от имени Савватий, которое в переводе с древнееврейского означает «субботний, родившийся в субботу, в праздник». Имя Савватий церковное. Именины Савватия приходятся на 15 марта (день памяти преподобного Савватия Тверского), 2 октября (мученик Савватий) и 10 октября (преподобный Савватий Соловецкий). Таким образом, потомок человека, обладающего именем Ватута, со временем получил фамилию Ватутин.