Фамилия Вакутин образована от прозвища Вакута, которое восходит к аналогичному диалектному нарицательному, что в архангельских говорах имеет значение «дорога или тропа из селения на кладбище». Скорее всего, такое прозвище указывало на место жительства предка: его дом располагался недалеко от кладбища. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Вакута, со временем получил фамилию Вакутин.