Фамилия Вагаршакян — типичный пример армянской родовой фамилии, образованной от личного имени. В армянской традиции фамилия (по-армянски «азганун») буквально означает «имя клана» и указывает на принадлежность к определённому роду или предку. Основа фамилии — мужское имя Вагаршак, которое в переводе с армянского толкуют как «вездесущее солнце». Суффикс -ян (в исходной форме -янц) — один из самых распространённых патронимических показателей в армянском языке, соответствующий русскому «-ов» или «-ин»: он означает «из рода такого-то». Таким образом, Вагаршакян — это «потомок Вагаршака».

С этим именем связана и конкретная историческая личность, что придаёт фамилии особый вес. Согласно некоторым исследованиям, родоначальником мог быть Вагаршак — один из двух сыновей армянского царя Папа. В 394 году император Феодосий отпустил братьев, бывших заложниками при константинопольском дворе, на родину, чтобы они правили Арменией совместно. Однако Вагаршак, обосновавшись в городе Еризе (в области Екегяац, или Екегеац), вскоре умер, и его брат Аршак III остался единым царем. Эта версия, пусть и не бесспорная, связывает фамилию не просто с именем, а с древней царской династией Аршакидов, что выделяет её среди множества других армянских фамилий.

Современный известный носитель фамилии — Вагаршак Варназович Арутюнян (родился 28 апреля 1956 года в Ахалкалаки), армянский военный деятель, генерал-лейтенант. Его отчество Варназович и фамилия Арутюнян показывают, что имя Вагаршак продолжает бытовать в Армении и сегодня, хотя фамилия Вагаршакян встречается реже, чем, например, Петросян или Ованнисян. Именно эта редкость и связь с конкретной исторической фигурой делают фамилию не просто указанием на предка, а возможным отсылом к древней армянской знати, что для её носителей может быть предметом особого интереса.