Фамилия Вагайцев образована от личного прозвища и относится к распространенному типу русских фамилий. Прозвище Вагаец, очевидно, получил житель бассейна реки Ваги - левого притока Северной Двины, которая протекает в Вологодской и Архангельской областях. Считается, что гидроним Вага восходит к более древнему финно-угорскому корню «важ», что значит «приток». Также не исключено, что Вагайцем прозвали выходца из села Вагай в Тюменской области. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Вагаец, со временем получил фамилию Вагайцев. О точном месте и времени возникновения фамилии Вагайцев в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Вагайцев представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.