Фамилия Ваганцев — это отчество от прозвища Ваганец, которое чаще всего связывают с диалектным глаголом «ваганиться» — баловать, шалить, играть. Так могли прозвать человека, склонного к проказам и шуткам. Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ец указывал на носителя признака, а окончание -ов превратило отчество в наследственную фамилию («сын Ваганца»).

Менее убедительна версия, связывающая прозвище с существительным «ваган» в значении «простой крестьянин, мужик». В ономастике такая гипотеза слаба: нарицательное «мужик» не могло выделить человека среди таких же крестьян, поэтому оно редко становилось основой для прозвища.

Географическая версия выглядит правдоподобнее. Ваганцем могли называть выходца с берегов реки Ваги — крупного левого притока Северной Двины в Вологодской и Архангельской областях. В этом случае фамилия указывала бы на место, откуда человек родом, и такой способ идентификации был распространён на Русском Севере. Суффикс -ец в топонимических прозвищах обычен: ср. «вологжанец» или «архангелогородец».

Существует также версия об армянском имени Ваган («щит» или «вездесущий»), но она менее вероятна для русской фамилии с типичным славянским суффиксом -цев. Скорее всего, Ваганцевы — потомки либо проказника, либо переселенца с берегов Ваги.