Фамилия Ваганин образована от прозвища Ваганя, которое ведет свое начало от диалектного глагола «ваганиться», то есть «баловать, шалить, играть, шутить». Таким образом, Ваганей могли называть человека, склонного к проказам, имевшего обыкновение подшучивать над окружающими. По другой версии, прозвище Ваганя происходит от существительного «ваган» в значении «вахлак, простой крестьянин, мужик». В этом случае такое прозвище могло отражать социальный статус человека. Также, прозвище Ваганя могло быть связано с нарицательным «ваган» в значении «корытце или неглубокая деревянная миска овальной формы, похожая на плоское блюдо». Ваган использовался для резки, сечки, рубки, шинковки и других видов измельчения варёного мяса, рыбы, овощей, грибов. Он сохранялся в кухонном инвентаре всех славян до начала XX века. Поэтому можно предположить, что прозвище Ваганя относится к так называемым «профессиональным» именованиям, указывающим на род деятельности основателя фамилии. Так, Ваганей называли мастера по изготовлению таких сосудов. Кроме того, не исключено, что фамилия Ваганин восходит к армянскому мужскому имени Ваган, которое имеет два значения: «щит» и «вездесущий». Возможно, нарекая ребенка таким именем, родители желали, чтобы их сын в будущем стал настоящим мужчиной. Так и прозвище Ваганя закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Ваганин. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Ваганя, со временем получил фамилию Ваганин.