Фамилия Ваганян — классический пример армянской родовой фамилии, образованной от мужского имени Ваган. Формант «-ян» (в старых написаниях «-янц») в армянском языке выполняет ту же роль, что и русские суффиксы «-ов», «-ин»: он указывает на принадлежность к роду. Буквально «азганун» (родовое имя) Ваганян означает «из рода Вагана» или «потомок Вагана».

Имя Ваган имеет древние корни и два основных толкования. Первое — «щит», что связывает его с воинской тематикой. Второе, более философское, — «вездесущий», что указывает на возможное божественное или эпическое происхождение имени. Оба значения встречаются в армянской ономастике, и первое считается более распространённым.

Существует и альтернативная, но менее правдоподобная гипотеза, выводящая фамилию из русского диалектного слова «ваган» — «простой мужик, крестьянин». Эта версия слаба по двум причинам. Во-первых, типично армянский суффикс «-ян» практически не встречается в русских фамилиях. Во-вторых, если бы фамилия была русской, она звучала бы как «Ваганов» или «Ваганин». Поэтому армянское происхождение от имени Ваган — основное и исторически обоснованное.

Среди носителей фамилии наиболее известен Рафаэль Артёмович Ваганян (род. 1951) — армянский шахматист, международный гроссмейстер и чемпион СССР. Его фамилия — прямое указание на родовую принадлежность, и в контексте армянской традиции это не просто наследственное имя, а краткая генеалогическая запись.