Фамилия Ваганины — одна из тех, где за простой основой скрывается сразу несколько возможных историй, и ни одну из них нельзя отбросить с ходу. Словообразовательная модель прозрачна: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), а значит, в основе лежит личное прозвище или имя Ваганя, Ваган.

Самая живая версия отсылает к диалектному глаголу «ваганиться» — баловать, шалить, проказничать. В этом случае Ваганей называли человека, который любил подшутить, затеять игру или разыграть окружающих. Такое прозвище могло закрепиться за весельчаком или непоседой. По другой, более приземлённой версии, «ваган» — это простой крестьянин, мужик, вахлак. Здесь прозвище отражало скорее социальное положение или деревенскую прямоту нрава, чем характер.

Есть и третий, предметный след. В славянском кухонном обиходе вплоть до начала XX века бытовал «ваган» — неглубокая деревянная миска или корытце овальной формы. В нём рубили, шинковали и крошили варёное мясо, рыбу, овощи. Мастера, делавшие такие сосуды, вполне могли получить прозвище по своему ремеслу. Таким образом, Ваганя — это ещё и возможное профессиональное именование.

Армянская версия стоит особняком. Имя Ваган имеет значения «щит» и «вездесущий», и если фамилия действительно восходит к нему, это говорит о совсем иных корнях — не славянских, а кавказских. Впрочем, для фамилии с суффиксом -ин, типичным для русской ономастики, такое происхождение менее вероятно, хотя и не исключено в случае давних контактов или переселений.

Какую из версий считать основной — зависит от того, в какой среде и в каком регионе фамилия закрепилась. В северных и центральных губерниях России, где диалектное слово «ваган» (миска) и глагол «ваганиться» были в ходу, скорее всего, сработала одна из них. Точное время появления фамилии установить сложно, но её основа — прозвище Ваганя — бытовала в крестьянской и ремесленной среде, а значит, предки Ваганиных могли быть и плотниками-ложкарями, и бойкими на язык шутниками, и просто людьми, которых в округе звали по-свойски.