Фамилия Ваганов образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Ваганов послужило имя Ваган. По одной из версий, фамилия Ваганов образована от прозвища, в основе которого лежит диалектное слово «ваган» - «мужик, крестьянин». Однако согласно другой, более правдоподобной гипотезе, эта фамилия происходит от армянского мужского имени Ваган, которое имеет два значения: «щит» и «вездесущий». Таким образом, потомок человека, обладающего именем Ваган, со временем получил фамилию Ваганов. О точном месте и времени возникновения фамилии Ваганов в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Ваганов представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.