Фамилия Ваганов в своей основе имеет имя или прозвище, от которого образована. Самая распространённая версия связывает её с армянским мужским именем Ваган. У этого имени два значения — «щит» и «вездесущий», так что предок-родоначальник мог получить имя с сильной или всепроникающей символикой. Потомок человека по имени Ваган со временем и стал Вагановым — по стандартной русской модели, где суффикс -ов означает принадлежность («чей?»).

Есть и другая гипотеза, уже бытовая. Она отталкивается от диалектного слова «ваган» — так в некоторых говорах называли мужика, крестьянина. В этом случае фамилия образована не от личного имени, а от прозвища по социальному положению или роду занятий. Такие прозвища давали без особой затейливости: по тому, кем человек был в общине.

Из этих двух версий армянская выглядит правдоподобнее. Слово «ваган» в значении «крестьянин» встречается редко и локально, а имя Ваган — устойчивое и известное в ономастике. К тому же фамилии, образованные от личных имён, — самый массовый и естественный путь для русских фамилий.

Суффикс -ов указывает на типичную для центральной России и Поволжья модель. Фамилия Ваганов не относится к редким, но и не на слуху. Её носители встречаются в разных регионах, что говорит о нескольких независимых очагах возникновения: где-то — от имени Ваган, где-то — от прозвища.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Ваганов стоит в одном ряду с Вагагиным, Вагаевым и просто Вагановым — все они восходят к одному корню, но разошлись по разным суффиксальным моделям. В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) эта фамилия рассматривается именно в контексте имён и прозвищ, без привязки к какому-то одному региону или сословию.