Основой фамилии Ваганов послужило имя Ваган. По одной из версий, фамилия Ваганов образована от прозвища, в основе которого лежит диалектное слово «ваган» - «мужик, крестьянин». Однако согласно другой, более правдоподобной гипотезе, эта фамилия происходит от армянского мужского имени Ваган, которое имеет два значения: «щит» и «вездесущий». Таким образом, потомок человека, обладающего именем Ваган, со временем получил фамилию Ваганов.