Фамилия Ваганий — одна из тех, чей корень уводит в область прозвищ, а не в церковные святцы. В её основе лежит древнерусское слово «вага», которое в разных диалектах означало весы, коромысло, а в переносном смысле — тяжесть, ношу. Однако у этого же слова было и другое, более живое значение: так в северных и сибирских говорах называли неуклюжего, неповоротливого человека, увальня. Прозвище Ваган могли дать либо тому, кто работал с вагой (например, взвешивал товары на торгу), либо, что вероятнее, человеку медлительному и тяжёлому на подъём.

Фамилия образована по редкой модели с суффиксом -ий, который в русской ономастике обычно указывает на притяжательность и встречается в основном у фамилий, восходящих к именам или прозвищам на -а/-я (сравните: Ваня — Ванин, но в старых формах — Ваний). Ваганий буквально значит «сын Вагана» или «принадлежащий Вагану». Эта модель не так распространена, как фамилии на -ов или -ин, и чаще встречается в южнорусских и украинских землях, хотя корень «вага» — общеславянский.

Интересно, что слово «вага» дало жизнь не только фамилии Ваганий, но и целому гнезду однокоренных: Ваганов, Вагин, Вагаев. Однако Ваганий стоит особняком за счёт окончания: оно не типично для великорусских фамилий крестьянского или купеческого сословия, а скорее напоминает польские или западнорусские формы на -ий (как Зданий, Гоний). Это наводит на мысль, что предки носителя фамилии могли жить на границе русских и польских земель, где смешивались диалекты и словообразовательные привычки.

Географически фамилия крайне редкая и не имеет ярко выраженного «гнезда» в современных справочниках. Её носители встречаются точечно, что говорит о возможном единичном происхождении: один человек с прозвищем Ваган дал начало небольшому роду, который не разросся в массовую фамилию. В дореволюционных переписях её почти нет — это не признак «простого» происхождения, а скорее следствие того, что фамилия могла быть поздней, канцелярской, когда писарь записал прозвище в форме, отличной от стандартной.

Есть и другая, менее вероятная версия: связь с топонимом. Вага — река на севере России, впадающая в Северную Двину. Жителя по этой реке могли назвать Ваганич или Ваганец, а потом фамилия могла трансформироваться в Ваганий. Но против этого говорит то, что такие фамилии обычно оканчиваются на -ский (Вагажский) или -ов (Ваганов). Прозвищная версия остаётся основной.