Фамилия Ваган неоднозначна по происхождению, но большинство версий сходятся к прозвищу или имени, а не к профессии. Самый вероятный источник — диалектный глагол «ваганиться», то есть «баловать, шалить, играть, шутить». В северных и сибирских говорах это слово было в ходу, поэтому Ваганом могли прозвать человека склонного к проказам, балагура, любителя подшутить над окружающими. Модель образования фамилии простая: прозвище перешло в фамилию без дополнительных суффиксов, что характерно для украинской, белорусской и южнорусской традиции, а также для фамилий, оформившихся в среде духовенства или однодворцев.

Менее вероятно, что прозвище Ваган происходит от существительного «ваган» в значении «вахлак, простой крестьянин, мужик». Эта версия представляется менее правдоподобной: нарицательное со значением «мужик» вряд ли могло идентифицировать человека, указать на его отличительные признаки, выделить его среди других крестьян-мужиков. Скорее всего, это позднее переосмысление редкого прозвища.

Существует и географическая привязка. Ваганом могли назвать выходца с берегов реки Ваги, протекающей в Вологодской и Архангельской областях и являющейся крупнейшим левым притоком Северной Двины. В этом случае фамилия указывала бы на место жительства предка. Однако стоит учесть, что жителей берегов Ваги чаще называли «важанами», а форма «Ваган» могла возникнуть как упрощение или под влиянием иных говоров.

Совсем иная линия ведет к армянскому мужскому имени Ваган, которое переводится как «щит» или «вездесущий». Это древнее имя встречается в армянской истории, и фамилия Ваган у носителей армянского происхождения — прямое указание на родовое имя предка.

Таким образом, фамилия Ваган — пример того, как одно и то же звучание может иметь славянские и армянские корни. Для русских носителей наиболее естественно объяснение через диалектное «ваганиться» или речную топонимику, для армян — через личное имя. Суффикса в фамилии нет, она бессуффиксная, что делает её «прозрачной» для этимологии, но и открытой для разных толкований.