Фамилия Ваганова, судя по всему, восходит к мужскому личному имени Ваган. Самая правдоподобная версия связывает его с армянским именем Ваган, которое имеет два значения: «щит» и «вездесущий». Согласно этой гипотезе, фамилия указывает на то, что её основатель был армянином по происхождению или носил это имя по другой причине, а его потомки со временем закрепили за собой отчество в форме Ваганов.

Существует и альтернативное объяснение, по которому фамилия произошла от прозвища, данного по диалектному слову «ваган» — «мужик, крестьянин». Однако эта версия менее убедительна. Дело в том, что слово «ваган» в значении «крестьянин» не было широко распространено в русских говорах и не оставило заметного следа в ономастике. В то время как армянское имя Ваган — древнее и хорошо известное, оно фиксируется в исторических источниках, что делает версию о его происхождении более надёжной.

Фамилия образована по стандартной русской модели с помощью суффикса -ов, который указывает на принадлежность: «сын Вагана». Женская форма Ваганова — это вариант той же фамилии, закреплённый за женщинами. В целом, фамилия редкая и имеет ярко выраженную региональную привязку: наибольшее число её носителей сосредоточено на юге России и в Закавказье, что косвенно подтверждает версию об армянских корнях.