Фамилия Ваганькова — женская форма фамилии Ваганьков, и чтобы понять её происхождение, нужно разобрать мужской вариант. Основа здесь — прозвище или нецерковное имя Ваган. В русских говорах слово «ваган» имело несколько значений. В архангельских и вологодских краях так называли жителя берегов реки Ваги — то есть уроженца Важской земли. Это был распространённый способ прозвища по месту жительства: человека из определённой местности могли прозвать по названию реки или региона. Однако есть и другая версия, более бытовая: в некоторых диалектах «ваганить» означало шалить, баловаться, а «ваган» — шалун, проказник. Соответственно, прозвище могло закрепиться за человеком с живым, непоседливым характером.

Суффикс -к- в основе Ваганьк- указывает на уменьшительно-ласкательную или уничижительную форму. То есть Ваганько — это не просто Ваган, а «маленький Ваган» или «Ваган, сын Вагана». Такая модель характерна для украинской и южнорусской традиции образования фамилий, где суффикс -к- часто присоединялся к основе для обозначения потомка. Фамилия Ваганьков, таким образом, могла означать «сын Ваганька», а сам Ваганько — либо сын Вагана, либо человек, которого ласково или пренебрежительно называли уменьшительной формой прозвища.

Географически фамилия Ваганьков встречается не повсеместно. Основные места её бытования — север России (Архангельская, Вологодская области) и прилегающие регионы, что подтверждает версию о связи с рекой Вагой. В центральных областях она редка, что делает её локальным маркером. В отличие от более массовых фамилий вроде Иванов или Смирнов, Ваганьков не получил широкого распространения за пределами своего ареала, и это указывает на то, что предки носителей фамилии были прочно привязаны к определённой местности, вероятно, крестьяне или посадские люди.

Ономастический словарь Б. Унбегауна относит фамилии с основой «ваган» к группе, образованной от географических названий, и это наиболее обоснованная версия. Спор между «речным» и «характерным» происхождением решается в пользу первого: прозвища по месту жительства в XVI–XVII веках давались чаще, чем по чертам характера, и оставляли более устойчивый след в фамилиях. Тем не менее, полностью исключать вариант с «шалуном» нельзя — в отдельных семьях прозвище могло закрепиться и по этой причине.

В написании фамилии стоит обратить внимание на мягкий знак перед суффиксом: Ваганьков, а не Ваганков. Это не случайность: мягкий знак сохраняет произношение основы (вагань — с мягким «н»), что характерно для фамилий, образованных от уменьшительных форм с суффиксом -к- в южнорусском варианте. В северных говорах подобное смягчение встречается реже, поэтому написание через «ь» может указывать на миграцию предков или смешение диалектов.