Прозвище Вагаец, очевидно, получил житель бассейна реки Ваги - левого притока Северной Двины, которая протекает в Вологодской и Архангельской областях. Считается, что гидроним Вага восходит к более древнему финно-угорскому корню «важ», что значит «приток». Также не исключено, что Вагайцем прозвали выходца из села Вагай в Тюменской области. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Вагаец, со временем получил фамилию Вагайцев.