Фамилия Ваино — редкий случай, когда написание не подсказывает ни географию, ни происхождение. На слух она звучит как финская или карельская (сравните с финским vainio — «поле», «нива»), но формально в русской ономастике такой суффиксальной модели нет. Фамилий на -ино в России много (Дубино, Сорокино), но основа «Ва-» для них нехарактерна. Скорее всего, перед нами искажение или вариант более распространённой фамилии при записи.

Самая вероятная версия — Ваино возникло из фамилии Воинов путём утраты конечного -в и редукции гласной. В говорах, где «ой» звучало как «аи» (аканье), Воинов могли произносить как «Ваиноф», а при переписи или в паспортном столе записать без последней буквы. Основа здесь — древнерусское нецерковное имя Вой, Воин, которое давали мальчикам в надежде на воинскую доблесть. Соответственно, предок носителя фамилии был либо сыном человека по имени Воин, либо потомком того, кого прозвали Воином за характер или профессию.

Менее убедительная гипотеза выводит фамилию из эстонского или финского vaino — «пролив», «течение». Но в таком случае ожидалось бы окончание -нен (Ваинен) или -лайнен. Без них связь с прибалтийско-финской топонимикой остаётся умозрительной.

Третий вариант — искусственное происхождение. В советское время при смене паспортов или в ходе русификации нерусских фамилий могли отбросить «лишние» слоги. Например, от грузинской фамилии Ваинадзе или молдавской Вайнояну мог остаться огрызок «Ваино». Но подтверждений этому нет.

Географически фамилия встречается точечно — в основном на северо-западе России (Ленинградская область, Карелия) и в Прибалтике, что косвенно поддерживает финно-угорскую версию, но не доказывает её. Однозначного решения у этимологов нет: слишком мало данных и слишком необычна форма. Если вы ищете корни, стоит проверить дореволюционные метрики на фамилию Воинов — с высокой вероятностью это и есть исходный вариант.