Фамилия Вакеев — редкий пример того, как имя собственное, попав в русскую фамильную модель, сохранило иноземное звучание. В её основе лежит тюркское мужское имя Вакей (или Ваки), которое восходит к арабскому «ваки» — «защитник», «охраняющий». Встречается также версия, что имя могло быть производным от «вакиль» — «доверенное лицо», «уполномоченный», но это менее вероятно, так как в тюркских языках форма «Вакей» чаще фиксируется как самостоятельное личное имя.

Словообразовательная модель проста и прозрачна: к основе Вакей (в разговорной речи часто усекаемой до Вак-) добавили русский патронимический суффикс -ев, указывающий на принадлежность: «сын Вакея». Суффикс -ев, а не -ов, стоит после мягкого согласного, что характерно для фамилий, образованных от имён на -ей, -ий. Если бы исходное имя звучало как Вак, фамилия была бы Ваков. Этот нюанс говорит о том, что предок носителя фамилии звался именно Вакеем, а не, скажем, Вакой.

Географически фамилия Вакеев тяготеет к Поволжью и Приуралью — регионам, где веками соседствовали русские, татары, башкиры и чуваши. В метрических книгах Казанской и Уфимской губерний XIX века изредка встречаются крестьяне и мещане с такой фамилией, что указывает на её бытование в среде крещёных татар или мишарей, принявших православие. Фамилия не получила широкого распространения и осталась довольно редкой — сегодня её носителей насчитывается не более нескольких сотен человек в России.

Интересно, что в некоторых старых записях фамилию писали через «а» — Вакаев, что могло отражать диалектное произношение. Однако написание через «е» закрепилось как нормативное, возможно, под влиянием книжной фиксации имени Вакей. Таким образом, фамилия Вакеев — не просто «сын Вакея», но и маркер сложных этнокультурных связей на восточных окраинах России, где тюркские имена легко встраивались в русскую антропонимическую систему.