Фамилия Ваксеев — одна из тех, где профессиональное прозвище предка застыло в наследственном имени. Основа здесь — слово «вакса», состав для чернения и лощения кожаной обуви на основе сажи. Прозвище Ваксей, скорее всего, получал сапожник или башмачник, который сам варил ваксу, чистил ею обувь или торговал этим составом. В XIX веке вакса была ходовым товаром, и ремесло это было заметным, так что прозвище легко прилипало к человеку и заменяло имя в быту.

Словообразовательная модель типична для русских фамилий: суффикс -ев присоединился к основе Ваксей, указывая на принадлежность («чей сын?» — Ваксеев). Форма «Ваксей» могла возникнуть как уменьшительное или обиходное от «Вакса» (сравните: Кузьма — Кузьма, но прозвище Кузьма — фамилия Кузьмин; здесь иная модель, с суффиксом -ей, что встречается реже). В ономастических справочниках эта фамилия не частотна, что говорит о её локальном бытовании: скорее всего, она закрепилась в одной местности, где жил мастер с таким прозвищем, и не разошлась широко.

Интересная деталь: вакса — слово заимствованное, из немецкого Wachs (воск), но в русском языке оно обросло бытовыми смыслами и даже породило глагол «ваксить» (чистить обувь). Так что фамилия Ваксеев косвенно связана не только с сапожным делом, но и с историей заимствований в русском ремесленном лексиконе. Никаких иных версий — например, от личного имени Вакс или географического названия — нет, и они излишни: прозвищная основа лежит на поверхности.

Потомок человека, которого в деревне или городе знали как Ваксея (чистильщика или изготовителя ваксы), со временем получил фамилию Ваксеев. Она не говорит о дворянстве или крестьянстве — скорее о конкретном занятии, которое кормило семью.