Фамилия Ваксеев образована от прозвища Ваксей, которое восходит к нарицательному «вакса», имеющему значение «состав из сажи, для чернения и лощения кожи, обуви». Так, предок обладателя фамилии Ваксеев мог заниматься изготовлением и/или чисткой обуви. Так и прозвище Ваксей закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Ваксеев. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Ваксей, со временем получил фамилию Ваксеев.