Фамилия Ваксеева образована от прозвища Ваксей, в основе которого лежит слово «вакса» — состав из сажи для чернения и лощения кожи, обуви. Предок носителя этой фамилии, скорее всего, занимался изготовлением или чисткой обуви. Вакса была ходовым товаром в среде сапожников и полотеров, и прозвище Ваксей закрепилось за человеком по роду его занятий. Со временем это прозвище перешло в фамилию, которая по сей день хранит память о происхождении рода.

Фамилия Ваксеева образована по стандартной для русских фамилий модели: к основе Ваксей добавился патронимический суффикс -ев, указывающий на принадлежность («сын Ваксея»). Интересно, что слово «вакса» пришло в русский язык из немецкого (Wichse — «мазь для обуви») или польского (waksa), а затем дало жизнь не только прозвищу, но и глаголу «ваксить» — натирать обувь до блеска. Так что в этой фамилии застыло не просто ремесло, а целый бытовой ритуал XIX века, когда чистка сапог была отдельной профессией.

По сравнению с более частыми фамилиями на -ов, форма Ваксеев встречается реже, что может указывать на её относительно позднее закрепление или региональную привязку. В документах фамилия фиксируется с XIX века, преимущественно в центральных губерниях России, где сапожный промысел был особенно развит.