Фамилия Ваксеев образована от прозвища Ваксей. В его основе лежит слово «вакса» — так называли состав из сажи для чернения и лощения кожи и обуви. Человек, которого в окружении звали Ваксеем, скорее всего, имел прямое отношение к этому ремеслу: мог изготавливать ваксу, чистить или шить обувь. Прозвище закрепилось за ним как бытовое имя, а со временем перешло в фамилию по стандартной славянской модели — с суффиксом принадлежности -ев (Ваксей → Ваксеев). Формально фамилия отвечает на вопрос «чей?»: сын, потомок Ваксея.

Интересно, что вакса была товаром недорогим и повседневным, поэтому прозвище Ваксей вряд ли указывало на богатство или высокое положение. Скорее всего, предки Ваксеевых относились к ремесленникам или мелким торговцам. Встречается и вариант написания Ваксеев — с ударением на втором слоге, что типично для фамилий от основ на -ей.

Однокоренных фамилий немного: Ваксин, Ваксов, Ваксман (последняя, скорее, немецкого корня, от Wachs — «воск»). Русская Ваксеев стоит особняком — она напрямую связана с обувным и кожевенным делом. Полного списка известных носителей фамилии нет, но в архивных записях XIX века Ваксеевы встречаются в центральных губерниях России, особенно среди мещан и крестьян.

Процесс формирования фамилии мог быть долгим и не привязанным к одной местности, поэтому точно определить век и место её возникновения можно только в рамках углублённого генеалогического поиска. Однако сама основа — «вакса» — надёжно связывает фамилию с бытовым ремеслом, понятным и без словарей.