Фамилия Варсеевы образована от личного имени Варсей, которое является уменьшительной или разговорной формой крестильного имени Варсонофий (в церковной традиции — Варсанофий). Имя это арамейского происхождения, и его часто толкуют как «великий сын Божий», хотя точное значение спорно из-за древности языка. В святцах имя известно благодаря нескольким почитаемым подвижникам, но в истории русской культуры особенно выделяется один из них — монах Варсонофий, живший в XV веке в Киеве.

Этот монах — одна из ключевых фигур для понимания фамилии. Он был одним из первых русских паломников на Святую землю, оставив после себя уникальное описание путешествия, известное как «Хожение священноинока Варсанофия ко святому граду Иерусалиму». Он проделал путь из Киева через Константинополь, острова Крит и Кипр до египетского города Думьят, затем по Нилу добрался до Каира и только оттуда — в Иерусалим. В его записках содержатся первые на Руси описания «златоструйного Нила», города Каира (названного им «старово Мисюря»), крокодила («лютого зверя») и финиковой пальмы. Также он первым из русских авторов упомянул египетские пирамиды, назвав их, по христианской традиции того времени, «житницами Иосифа». Свои путешествия он совершил в 1456, 1461 и 1462 годах, и его «Хожение» публиковалось несколько раз.

В бытовой, нецерковной среде полное имя Варсонофий было громоздким, поэтому его сокращали. Форма Варсей — как раз такой сокращённый вариант. От него и пошла фамилия: Варсей → Варсеев, то есть «сын Варсея» или потомок человека с таким именем.

Фамилия встречается в документах. Например, в Московском «Мемориале» упоминается Мария Митрофановна Варсеева, родившаяся в 1918 году в деревне Шмотовка Брянской области. Эта запись привязывает фамилию к конкретному региону — брянским землям, где форма имени Варсей могла быть особенно употребительна.

Обратите внимание на суффикс: -ев, а не более распространённый -ов. Это указывает на то, что основа имени оканчивалась на мягкий согласный или «й» (Варсей). В северных и центральных говорах такая модель встречается реже, чем в южнорусских и белорусских, что тоже может быть косвенным указанием на географию происхождения рода.

Точное время возникновения фамилии назвать сложно. Фамилии у крестьян в центральной России закрепились в основном после отмены крепостного права в 1861 году, но у духовенства и служилых людей — раньше. Поскольку имя Варсонофий было и монашеским, и мирским, Варсеевы могли происходить как из церковной среды, так и из крестьянской. Окончательно установить это можно только через глубокие генеалогические изыскания в конкретной местности.