Фамилия Вакер — редкий для России случай, когда иноязычная основа не переделана на русский лад, а сохранена почти в исходном виде. В русской среде её могли записать по звучанию, но корни фамилии обычно ведут в немецкую или, реже, еврейскую языковую среду.

Самое вероятное объяснение — немецкое слово Walker, что значит «валяльщик сукна» или «сукновал». В старой Европе это было распространённое ремесло: мастер обрабатывал шерстяную ткань, валял её, делая плотной и тёплой. В немецких землях фамилия Walker (с вариантом Walcker) встречается часто, и в российских документах её могли записать на слух как Вакер — без характерного «л» в середине, что типично для некоторых диалектов или при адаптации через польский язык.

Вторая версия, менее вероятная, но возможная — от немецкого Wacker, что значит «бодрый», «храбрый», «честный». В этом случае фамилия была бы прозвищем по характеру. Встречаются и редкие случаи еврейского происхождения — от идишского וואַקער (vaker), то есть «бдительный» или «сторож», но это скорее исключение, чем правило.

Модель образования проста: фамилия не получила русского суффикса (-ов, -ин, -ский), а осталась в «голом» виде. Это характерно для поздних переселенцев или для тех, кто попал в российские списки уже в XVIII–XIX веках, когда приказчики могли не переделывать фамилию под местную грамматику. Вакеры встречаются в Поволжье и на юге России — в регионах, куда в XVIII веке приглашали немецких колонистов. Если предки были ремесленниками-сукновалами, то они вполне могли осесть в немецких колониях под Саратовом или на Волыни.

В отличие от фамилий Ваккер или Ваккерман, где удвоенная «к» указывает на более точную передачу немецкого произношения, написание с одной «к» чаще всего — результат упрощения в русской записи. Спорных версий здесь немного: основа прозрачна, и главное — не путать её с тюркскими или славянскими корнями, которых в этой фамилии нет.