Фамилия Вагер — один из тех случаев, когда прозвище прямо говорит о профессии предка. В её основе лежит немецкое слово Wager, которое на русский переводится как «весовщик». Так в Германии называли чиновника, отвечавшего за взвешивание товаров или проверку весов и мер, которыми пользовались торговцы. Фамилия, таким образом, относится к «профессиональным» именованиям: родоначальник Вагер действительно был весовщиком.

Интересно, что фамилия эта — скорее всего, не исконно русская, а принесённая в Россию немецкими переселенцами. Массовые миграции немцев в Российскую империю начались при Екатерине II, и среди прибывших было немало ремесленников, чиновников и специалистов по торговым делам. В отличие от многих других немецких фамилий, которые адаптировались под русское произношение и получили типичные суффиксы (вроде -ов или -ин), фамилия Вагер сохранила исходную форму практически без изменений. Это редкий случай, когда иноязычное прозвище закрепилось в русском быту без морфологической перестройки.

Словообразовательная модель здесь проста: фамилия образована напрямую от прозвища Вагер без дополнительных русских суффиксов. Это отличает её, например, от фамилии Вагеров, которая могла бы возникнуть при добавлении суффикса принадлежности. Встречающееся иногда написание «Вагнер» — уже совсем другая фамилия, связанная с профессией каретника (от немецкого Wagner), и путать их не стоит. Географически фамилия Вагер встречается в основном в регионах бывших немецких колоний — в Поволжье, на юге Украины и в Прибалтике, хотя сегодня её носители живут по всей России.