Фамилия Вапер встречается настолько редко, что её происхождение приходится восстанавливать по косвенным данным. В русском языке она явно не исконная: для корня «вап-» нет славянских параллелей, а суффикс -ер нетипичен для русских фамилий (обычнее -ов, -ин, -ский). Скорее всего, перед нами фамилия западноевропейского происхождения, которая попала в Россию вместе с носителем — возможно, немецким или голландским специалистом, приглашённым в XVIII–XIX веках.

Самая прямая версия — от немецкого существительного Wapper (водоворот, зыбь). В этом случае фамилия могла быть прозвищем человека с неспокойным, «бурлящим» характером или же относиться к тому, кто жил у быстрой реки с омутами. Менее вероятна связь с голландским wapper (тряпка, лоскут) — тогда прозвище мог получить портной или торговец тканями, но эта гипотеза слабее, так как голландские фамилии в России встречаются реже немецких.

В русском контексте фамилию могли переосмыслить: звук «вап-» напоминает диалектное «вапа» (краска, от лат. vappa — краска у иконописцев). Если носитель был иконописцем или маляром, прозвище Вапер могло закрепиться уже на русской почве. Однако это лишь предположение: документальных подтверждений такой версии нет.

Географически фамилия Вапер почти не зафиксирована в современных российских справочниках. Если её носители и жили в России, то, вероятно, в общинах поволжских немцев или в прибалтийских губерниях. Встречаемость фамилии в мире крайне низкая — единичные случаи в Германии, Нидерландах и США, что подтверждает её локальный и, возможно, угасший характер.

Словообразовательно фамилия проста: корень Wapp- / Wapper- и нулевое окончание. Суффикс -er в немецких фамилиях типичен для агентивных прозвищ (тот, кто делает что-то). Русская адаптация, скорее всего, произошла через транслитерацию без изменений — так фамилии вроде Müller становились Мюллер, а Wagner — Вагнер. Вапер, вероятно, прошёл тот же путь, но остался на периферии ономастикона.

Если вы носите эту фамилию, стоит искать корни в немецких метрических книгах или записях о переселенцах. В русских архивах она почти наверняка не встречается до XX века, и то лишь в единичных случаях.