Фамилия Вапернку — редкий случай в русском ономастиконе. Её происхождение напрямую связано с географическим названием: это румынская или молдавская фамилия, образованная от топонима. В основе лежит слово «вапор» (рум. vapor — «пароход», из итальянского vapore, от лат. vapor — «пар»), а суффикс «-енку» (вариант «-еску») — типичный для молдавско-румынских фамилий патронимический или посессивный формант, указывающий на принадлежность к роду или местности. Таким образом, Вапернку — «человек с Пароходной улицы» или «потомок того, кто жил у пароходной пристани».

Словообразовательная модель проста: к основе «вапор» (в русской передаче «вапер») добавлен суффикс «-енку», который в молдавском языке соответствует русскому «-ов» или «-ин». Фамилия могла возникнуть в Бессарабии или на юге Украины, где в XIX—XX веках активно развивалось пароходство по Днестру, Дунаю и Чёрному морю. Носитель фамилии, скорее всего, был жителем припортового села или города, где пароходы были заметной частью быта.

Важно отметить, что в русском языке фамилия не склоняется по падежам, если она оканчивается на согласный (Вапернку пришёл, у Вапернку). Это типично для заимствованных фамилий на -у. Встречаются варианты написания: Вапоренку, Ваперенку — путаница в гласных («а» или «о» в первом слоге) связана с тем, что в румынском языке звук «а» в безударном положении может редуцироваться, а на слух русскому уху слышится то «а», то «о».

Фамилия не имеет отношения к славянским корням, в отличие, например, от фамилии Вапняр (от «вапно» — известь). Её уникальность в том, что она отражает не ремесло или личное имя, а конкретную примету индустриальной эпохи — пароход, ставший частью повседневной жизни. Встречается исключительно редко, в основном в записях конца XIX — начала XX века среди молдавского и украинского населения.