Фамилия Ваперовы — редкий случай, когда основа не поддаётся однозначному толкованию. Слово «вапер» не встречается ни в древнерусских документах, ни в диалектных словарях. Это заставляет искать корни за пределами славянского языкового ареала. Первая версия отсылает к латинскому «vapor» — пар, испарение. В этом случае прозвище Вапер мог получить человек, работавший с паром: истопник, банщик, либо владелец паровой мельницы или винокурни. Такие производства в России XIX века были не редкостью, и прозвища по профессии давали охотно.

Вторая версия связывает фамилию с немецкой фамилией Waper или Waber — от глагола «wabern» (колыхаться, мерцать). Немецкие колонисты приезжали в Российскую империю с XVIII века, и их фамилии нередко русифицировались: Waper превращался в Ваперова, а со временем — в Ваперова. Если предки были выходцами из поволжских или причерноморских колоний, это объясняет и редкость фамилии, и её необычное звучание для русского уха.

Суффикс -ов указывает на стандартную патронимическую модель: Ваперовы — потомки человека по прозвищу или имени Вапер. Склонение по падежам ничем не отличается от большинства русских фамилий на -ов: Ваперов, Ваперова, Ваперову. В дореволюционных метрических книгах фамилия могла писаться через «а» — Ваперовы, что подтверждает её позднее закрепление в письменной форме.

География бытования фамилии узкая. Основные следы Ваперовых встречаются в центральных губерниях России, а также в Сибири, куда в XIX веке переселялись крестьяне и мастеровые. В дворянских родословных книгах фамилия не значится: скорее всего, предки относились к мещанскому или крестьянскому сословию, возможно, к цеховым ремесленникам. Точных данных о численности носителей нет, но фамилия остаётся редкой — её не найти в массовых справочниках конца XX века.