Фамилия Ваперинов — редкая и морфологически прозрачная, но с неочевидной основой. Её модель типична для русских фамилий: суффикс -ов присоединён к основе Ваперин-, которая сама является краткой формой отчества. То есть цепочка такова: сначала было прозвище или имя Ваперя, от него образовалось отчество Ваперин (чей сын? — Ваперин), а затем уже внук или правнук получил фамилию Ваперинов. Двойной суффикс -ин-ов встречается в фамилиях, которые фиксировали родовую принадлежность не напрямую, а через поколение.

Главный вопрос — что такое «Ваперя»? Самый вероятный корень — глагол «ваперить» (или «вапить»), который в русских говорах означал «красить, белить, покрывать краской». В старину «вапь» — это краска, а «вапёр» — маляр или красильщик. Слово это связано с церковнославянским «вапъ» (краска) и восходит к греческому «βαφή» (окрашивание). Соответственно, Ваперя — это прозвище маляра, белильщика или иконописца. В северных и центральных говорах «вапить» также значило «пачкать, марать», так что прозвище могло быть ироническим.

Менее вероятна версия, что основа — диалектное «ваперить» в значении «ворчать, брюзжать». В этом случае Ваперя — ворчун. Но слово с таким значением фиксируется реже, чем «красить», и не имеет такой широкой географической привязки.

Фамилия Ваперинов почти не встречается в исторических документах и современных справочниках — это говорит о её локальном бытовании. Скорее всего, она возникла в среде ремесленников или крестьян, занимавшихся малярным делом, и закрепилась в какой-то одной местности, возможно, на Русском Севере или в Поволжье. В отличие от однокоренных Вапин или Ваперин, форма с суффиксом -ов — более поздняя и редкая, что делает её своеобразным маркером конкретного рода.