Фамилия Вагера — один из тех случаев, когда корень слова ведет в чужую языковую среду, но суффикс выдает русского человека. Скорее всего, перед нами пример адаптации немецкой или еврейской фамилии на русской почве.

Разберем основу. В немецком языке «Wager» — это профессиональное прозвище: от глагола wagen (дерзать, рисковать). Так могли называть игрока, авантюриста, купца, идущего на риск, или даже возчика, который «важивал» грузы (от Wagen — телега, повозка). В польском и украинском языках есть слово «вага» (вес, тяжесть), откуда могло пойти прозвище Вагера для человека крупного или важного. Однако фамилия Вагера встречается в России нечасто, и её география подсказывает, что западное происхождение вероятнее.

Ключевая деталь — окончание «-а». В русском языке фамилии на -а, -я часто закреплялись за женщинами (как форма от мужской фамилии Вагер), но могли остаться и у мужчин, если фамилия была принесена из польского, белорусского или украинского языков, где окончание -а нормально для мужских фамилий (сравните: Гура, Мазура). Таким образом, Вагера — это русифицированная или украинизированная форма фамилии Вагер, где ударение, скорее всего, падает на первый слог: Вáгера.

Социальный контекст прост: предки носителя фамилии были, вероятно, переселенцами из немецких колоний, либо евреями-ашкеназами, получившими фамилию при паспортизации в XIX веке, либо выходцами с запада Российской империи. В любом случае, это не крестьянская фамилия, образованная от имени или ремесла на Руси, а пришлая, перекроенная на русский лад. Встретить её можно в основном на юге России, в Поволжье (где были немецкие поселения) и в западных областях.