Фамилия Валера — редкий случай в русской ономастике. В отличие от подавляющего большинства русских фамилий, она не образована от полного церковного или славянского имени с помощью суффиксов принадлежности (-ов, -ин, -ский). Здесь мы видим чистую основу, без патронимического суффикса. Такая модель (фамилия, совпадающая с именем или прозвищем) встречается в основном у украинских, белорусских и южнорусских фамилий, а также у фамилий из простонародной, недворянской среды.

Основа фамилии — мужское имя Валера. Это краткая, разговорная форма от канонического имени Валерий. Имя Валерий (от латинского valeo — «быть здоровым, сильным») пришло на Русь с христианством, но в народном быту чаще использовали не полную, а уменьшительную форму — Валера. За ней закрепилось значение «здоровяк» или «силач», хотя в прямом смысле прозвищем оно становилось редко: обычно так называли просто человека по имени.

Географически фамилия Валера тяготеет к западным и южным регионам бывшей Российской империи — Украине, Белоруссии, а также к казачьим областям. В центральных великорусских губерниях она почти не встречается: там от имени Валерий образовывали фамилии через суффикс: Валеров, Валериев или Валерианов (от полной формы Валериан). То, что фамилия осталась без суффикса, указывает на её позднее закрепление и на то, что носители, скорее всего, не принадлежали к высшим сословиям — крестьяне, мещане, казаки.

Спорных версий у фамилии немного. Иногда её пытаются связать с валлийским корнем (от названия народа валлийцы) или с глаголом «валять» (валера — «валяющийся»), но эти гипотезы надуманы. Прямая и очевидная связь с именем Валера подтверждается и тем, что в документах XIX века встречаются записи «Валера Иванов сын» — то есть человек сначала звался просто Валерой, а потом это прозвище перешло в наследственную фамилию.

В современной России фамилия Валера остаётся малочисленной. Это не распространённая фамилия, а скорее локальная, что делает её хорошим маркером для генеалогического поиска: если вы носите такую фамилию, велика вероятность, что ваши предки жили на юго-западе страны и не были крепостными в центральных губерниях.