Фамилия Валайтес — редкий пример, когда русская по происхождению фамилия записана в форме, напоминающей литовскую или латышскую. На слух она воспринимается как балтийская (ср. литовские фамилии на -айтис, -ите), но на деле это результат адаптации русского отчества от имени Валай.

В основе фамилии лежит разговорная форма крестильного имени Валаам или же редкого имени Валай. Первый вариант ведет к библейскому Валааму (в русской традиции — имя ветхозаветного пророка, а также имя святого, в честь которого назван Валаамский монастырь). Второй вариант — отчество от прозвища Валай, которое в русских говорах означало «валун», «глыба» или «неповоротливый, тяжелый человек». В словаре В. И. Даля «валай» — это «крупный камень, обломок скалы».

Словообразовательная модель здесь необычна. Стандартная русская фамилия от такого имени выглядела бы как Валаев или Валайкин. Но в западных губерниях Российской империи, особенно на территории современной Беларуси и Литвы, русские фамилии нередко записывали с балтийскими суффиксами, если носитель жил в смешанной среде. Окончание -ес — это русифицированная передача литовского суффикса -aitis (обозначающего сына, потомка). То есть Валайтес — это «сын Валая», записанный так, как его произносили в пограничных районах.

Фамилия могла возникнуть в среде православных или староверов, живших на территории Виленской или Ковенской губернии, где литовское влияние на произношение было сильным. Носители такой фамилии — скорее всего, крестьяне или мещане, получившие фамилию при переписях XIX века. Дворянской эта фамилия не была, так как в гербовниках она не встречается.

Сегодня фамилия Валайтес остается крайне редкой. Ее носители, если они есть, — потомки тех, кто сохранил необычное написание, не «обрусев» его до привычного Валаев. Это живой след языкового пограничья, где русское имя получило балтийскую огласовку.